Kafedralar Azərbaycan Kooperasiya Universitetində 21 Kafedra fəaliyyət göstərir. Aqrar sahənin və Sənayenin iqtisadiyyatı Marketinq və Turizm xidməti İnformatika və Ümumtexniki fənlər Əmtəəşünaslıq və Ekspertiza Standartlaşdırma və Texnologiya Mühasibat uçotu və audit İqtisadi Nəzəriyyə Statistika və Gömrük işi Maliyyə və bank işi Ekologiya və Coğrafiya Fəlsəfə və Psixologiya İqtisadiyyat və Vergi işi Dünya İqtisadiyyatı Humanitar Fənlər Menecement və ticarət Tərcümə Kommersiya Riyaziyyat Xarici Dillər MM və Həyat fəaliyyətinin təhlükəsizliyi Biznesin təşkili, dövlət və bələdiyyə idarəetməsi
