Struktur Azərbaycan Kooperasiya Universitetində 10 Struktur bölməsi fəaliyyət göstərir. Doktorantura və Magistratura şöbəsi Tədris şöbəsi Mətbuat Xidməti Qiyabi şöbə İKT Şöbəsi Daxili Nəzarət Xidməti Ümumi Şöbə Təcrübə Şöbəsi Təsərrüfat Şöbəsi Kadrlar Şöbəsi International Relations Department